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STORESとBASEはどっちがおすすめ?決済手数料・支払い方法を比較【2026年版】

STORESとBASEの決済手数料と決済方法を比較するイメージ

ネットショップを始めるとき、比較候補に挙がりやすいのが「STORES」と「BASE」です。

どちらも初期費用を抑えてECサイトを開設できますが、月額料金だけを見て選ぶと、販売開始後に「思っていたより手数料がかかる」「必要な決済方法が使えなかった」となることがあります。

特に確認したいのが、次の3点です。

  • 商品が売れたときの決済手数料
  • 購入者が選べる支払い方法
  • 実店舗を含めた今後の運用方法

この記事では、STORESとBASEの公式情報をもとに違いを比較し、どのような事業者に向いているのかを、ECサイト制作・運用を支援する株式会社アミッケの視点で解説します。

先に結論:手数料だけでなく「商品の売り方」で選ぶことが重要

大まかな選び方は次のとおりです。

STORESが向いている事業者

  • 小さく始めて、販売手数料を抑えたい
  • 実店舗とネットショップを併用したい
  • 店舗のキャッシュレス決済やPOSレジもまとめて管理したい
  • 楽天ペイ、Paidy、atone、代引きなど決済方法を充実させたい
  • 月商200万円未満から段階的にEC事業を育てたい

BASEが向いている事業者

  • 月額費用をかけずに、幅広いEC機能を試したい
  • ネットショップを中心に運営する
  • PAY IDアプリからの集客も期待したい
  • EC上で「PAY ID 3回あと払い」を用意したい
  • 月商200万円前後以上が安定して見込める

アミッケとしては、実店舗を持つ小規模事業者が初めてECサイトを開設する場合、高単価商材を扱うケースを含め、総合的にはSTORESを提案しやすいと考えています。Paidyによるカード不要の翌月あと払いと、店舗決済・POSレジを含めた一体運用は大きな利点です。ただし、STORES上のPaidyは分割払いには対応していないため、EC上で3回払いを必須とする場合はBASEも有力な候補になります。

STORESとBASEの料金・決済手数料

2026年9月時点の主な料金は以下のとおりです。

サービス・プラン月額費用主な決済手数料PayPay・Amazon Pay・PayPalなど
STORES フリー0円5.5%6.5%
STORES スタンダード年契約:月額3,300円相当/月契約:月額3,960円3.6%4.6%
BASE スタンダード0円3.6%+40円/件+サービス利用料3%4.6%+40円/件+サービス利用料3%
BASE グロース年払い:月額16,580円相当/月払い:月額19,980円2.9%3.9%

BASEのスタンダードプランは月額0円ですが、通常の決済では実質的に「6.6%+40円/件」がかかります。PayPay・Amazon Pay・PayPalの場合は「7.6%+40円/件」です。

一方、STORESには1注文ごとの固定40円がありません。そのため、低単価の商品を数多く販売するショップでは、STORESの方がコストを抑えやすい傾向があります。

「月額無料」という言葉だけで判断せず、月間売上、平均注文単価、注文件数を使って総額を試算することが重要です。

月商別に見る手数料の目安

クレジットカード決済100%、平均注文単価10,000円、各有料プランは年払いの月額換算として試算すると、次のようになります。

月商STORES フリーSTORES スタンダードBASE スタンダードBASE グロース
10万円5,500円6,900円7,000円19,480円
30万円16,500円14,100円21,000円25,280円
50万円27,500円21,300円35,000円31,080円
100万円55,000円39,300円70,000円45,580円
200万円110,000円75,300円140,000円74,580円

※振込手数料、オプション費用、決済方法による料率差は含みません。

STORESでは、クレジットカード決済を前提にすると月商約17万円が、フリーからスタンダードへ切り替えるひとつの目安です。

また、STORESスタンダードとBASEグロースを比較すると、クレジットカード中心の場合は月商約190万円が分岐点になります。月商200万円を安定して超える段階では、BASEグロースの低い決済料率が効いてきます。

利用できる決済方法の違い

決済方法STORESBASE
クレジットカード
コンビニ決済
Pay-easy
銀行振込
キャリア決済
PayPay
Amazon Pay
PayPal
楽天ペイ
Paidy
atone
PAY ID翌月あと払い
PAY ID 3回あと払い
代金引換スタンダードのみ○

両社とも、Visa、Mastercard、JCB、American Express、Diners Clubの主要5ブランドに対応しています。

決済方法の種類ではSTORESが充実しています。特に楽天ペイ、Paidy、atone、代引きを用意したい場合は、STORESが有力です。

一方、BASEには独自の「PAY IDあと払い」があり、翌月まとめ払いに加えて、条件を満たした購入者は3回あと払いも利用できます。

高単価の商材をネットで販売するなら?

美容商品、化粧品セット、ジュエリー、家電、講座関連商品など、アイテム数が少なくても単価が高いECサイトでは、「支払総額」だけでなく「一度に支払う金額」が購入のハードルになります。

高単価商材では、「あと払い」と「分割払い」を同じものとして考えないことが重要です。

STORESにはPaidyが標準で連携しており、購入者はクレジットカードを登録せず、メールアドレスと携帯電話番号で購入し、利用額を翌月にまとめて支払えます。カードを使いたくない購入者にも選択肢を用意できるため、高単価商材でも購入時の心理的なハードルを下げる決済手段として有効です。

さらに、実店舗がある事業者は、ネットショップに加えて店舗向けキャッシュレス決済やPOSレジもまとめて運用できます。高単価の商品を店頭で説明し、後からECで購入してもらうような販売方法まで考えると、アミッケとしてはSTORESを提案しやすいと考えています。

ただし、Paidy自体には3回・6回・12回の分割あと払いがありますが、STORESのネットショップで利用できるPaidyは翌月あと払いのみです。STORES上では3回・6回・12回の分割あと払いを利用できないため、「PaidyがあるからSTORESなら分割払いができる」という理解には注意が必要です。

一方、BASEには「PAY ID 3回あと払い」があり、本人確認と審査を通過した購入者は商品の代金を3回に分けて支払えます。ECサイト上で実際に支払い回数を分けられることを最優先する場合は、BASEを選ぶ理由になります。

アミッケとしての判断軸は、次のとおりです。

  • 高単価商材を実店舗とECの両方で販売したい:STORES
  • カード不要の翌月あと払いを用意したい:STORESのPaidy
  • EC上で3回に分けて支払えることを重視したい:BASEのPAY ID 3回あと払い
  • 6回・12回など、より長い分割を必須にしたい:今回の2サービスだけで決めず、他のECカートや決済サービスも含めて検討

高単価商材では、商品単価だけでサービスを決めるのではなく、店頭販売との連携、購入者が希望する支払いタイミング、必要な分割回数まで整理して選ぶことが大切です。

実店舗がある場合はSTORESの利便性が高い

美容サロン、飲食店、アパレル、雑貨店など、すでに実店舗を運営している事業者にとっては、ネットショップ単体の手数料だけで比較するのは十分ではありません。

STORESのスタンダードプランでは、ネットショップに加えて、店舗向けキャッシュレス決済、POSレジ、予約システムなどを横断して利用できます。条件を満たす年間契約では、決済端末の無償貸し出しも用意されています。端末は自動的に届くものではなく、STORES決済の申し込みや貸し出し申請など所定の手続きが必要です。

実店舗とECサイトを別々の会社やサービスで管理すると、売上確認、商品管理、顧客管理、スタッフ教育が複雑になりがちです。将来的に店舗とオンラインの購買情報を活用したい場合は、STORESでまとめられること自体に運用上の価値があります。

特に、実店舗で商品を提案し、その場では購入しなかったお客様に後からECサイトで買ってもらうような販売方法では、店舗とオンラインを一体で考えられる環境が重要になります。

BASEのPAY IDアプリは「手数料」と「集客効果」の両面を見る

BASEには、商品をPAY IDショッピングアプリに掲載し、新しい顧客に発見してもらえる可能性があります。

ただし、PAY IDアプリ経由の注文には、通常のWebショップ注文とは異なる手数料が設定されています。公式料金ページでは、1注文あたり「決済手数料3.6%+40円+サービス利用料5.9%」とされています。

手数料だけを見れば高く感じますが、自社で広告費をかけずに新規顧客と接点を持てる可能性もあります。PAY IDを評価するときは、単なる決済コストではなく「集客チャネルとしてどれだけ売上に貢献するか」まで含めて判断する必要があります。

アミッケとしての見解

ECサイト選びで大切なのは、「どちらが有名か」「無料かどうか」ではなく、その事業者の販売計画に合っているかです。

アミッケとしては、次のように考えます。

初めてECを始める実店舗型事業者にはSTORES

月額3,300円相当からネットショップ・店舗決済・POSレジなどをまとめられ、決済方法も豊富です。

今は商品数が少なくても、店頭販売とオンライン販売を連携させながら育てたい事業者には、総合的な利便性があります。

高単価商材は「あと払い」「分割払い」「店舗連携」で判断

アミッケとしては、高単価商材を扱い、実店舗も運営する事業者にはSTORESを提案しやすいと考えています。Paidyによるカード不要の翌月あと払いに加え、店舗決済やPOSレジまで一体で運用できるためです。

ただし、EC上で購入代金を3回に分けられることが最優先ならBASEの「PAY ID 3回あと払い」が適しています。6回・12回などの分割が必須の場合は、別のECカートや決済サービスも含めて検討します。

月商200万円前後を超えたら料金プランを再検討

スタート時に最適だったプランが、売上拡大後も最適とは限りません。月商や決済方法の構成が変わった段階で、STORESスタンダード、BASEグロース、さらに他のECカートも含めて再試算することをおすすめします。

まとめ

STORESとBASEは、どちらも小規模事業者が始めやすいネットショップサービスですが、強みは異なります。

STORESは、比較的低い固定費と豊富な決済方法、実店舗との連携が魅力です。BASEは、月額無料で機能を試せることに加え、PAY IDによる集客や3回あと払い、売上規模が大きくなった際のグロースプランに強みがあります。

ECサイトを選ぶ際は、次の項目を整理してから比較してみてください。

  • 月間の想定売上
  • 平均商品単価
  • 月間の想定注文件数
  • 必要な決済方法
  • 後払い・分割払いの必要性
  • 実店舗との連携予定
  • 将来の売上目標

株式会社アミッケでは、ECサイトの新規制作だけでなく、サービス選定、商品構成、決済方法、公開後の集客・改善まで一貫してご相談いただけます。「STORES、BASE、Shopifyのどれが自社に合うのか分からない」という段階でも、お気軽にご相談ください。

参考情報

※掲載内容は 9月 6, 2026 時点の公式情報をもとにしています。料金、手数料、対応機能、審査条件などは変更される場合があります。導入時には各サービスの最新情報をご確認ください。

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